Die geringe Invasivität der Seed-Implantation spiegelt sich im Vergleich zur Totaloperation
oder der externen Bestrahlung in deutlich niedrigeren Nebenwirkungsraten wieder.

Wie bei jeder onkologisch wirksamen Therapie ist die Seed-Implantation jedoch nicht frei
von Nebenwirkungen. Kontinenzprobleme treten in den seltensten Fällen auf, die Potenz
bleibt nach permanenter Seed-Implantation meist erhalten.